在大学时代曾被誉为百年难得一见的数学天才石神，如今只是一名单身、不起眼的高中数学教师，每天唯一的乐趣就是去固定的便当店买午餐，只为了看一眼隔壁邻居，在便当店担任店员的靖子的身影。靖子带著独生女美里逃离粗暴的前夫，两人相依为命地生活在大都市的一角。某天靖子前夫找上门来，两人争执不下之际，靖子失手杀死了对方。

此时，石神出现在茫然失措的母女面前，提出由他来收拾善后的建议。

这世上不可能存在完美无缺的完全犯罪，然而以草薙为首的调查阵营始终找不到突破的可能性，只好向任教於帝都大学的汤川学求救。而身为石神大学时代旧友的汤川，又该如何接下这来自老同学的挑战书？